在德游学时期，是蔡元培潜心治学、辛勤笔耕的黄金期。他在这里进一步形成良好的西方学术修养，摄取各类学术精华，又以深厚的国学底蕴，形成了对东、西两大文明的独特认知，这为他后来回国后领导和革新全国性的文化教育事业，奠定了思想和学术基础。
蔡元培以“爬格子”的方式半工半读，在这一期间编著了《中学修身教科书》，编写了《中国伦理学史》，翻译了《伦理学原理》。这些著作奠定了蔡元培在中国学术和教育界的地位。
《中学修身教科书》共五册，前两册1907年12月初版，后三册1908年3月初版。
此书如蔡元培所说：“悉本我国古圣贤道德之原理，旁及东西伦理学大家之说，斟酌取舍，以求适合于今日之社会。”
早期的修身教科书，一类翻译自日本、欧美的修身与伦理教科书，重西学轻传统，未能很好地适应国情;另一类则为国人自编，几乎都是以传统经学为基础，固守忠孝仁义，缺乏先进的民主思想。对当时已经逐渐融入现代社会的中国教育来说，这两类修身教科书都显得很不适应。
因此，由上海商务印书馆出版的《中学修身教科书》，就显得格外引人注目。该书中西结合、兼容并包，一方面对中华传统伦理批判继承，另一方面对西方先进思想辩证吸收。其中对“愚孝愚忠”的批判，对儒家经学教义的扬弃，对公义、公理、公德，自由、平等、博爱等现代民主理念的提倡，都在一定程度上促进了国民文化启蒙和思想解放，也为后来民国修身教科书及公民教育教科书的编写树立了一个标杆。
“修身、齐家、治国、平天下”，这是传统儒家对于个人修身的最高要求，也是每个儒家子弟穷其一生来追逐的理想境界。蔡元培在编写《中学修身教科书》时，前四册书分别以“修己”、“家族”、“社会”和“国家”来命名。很显然，他希望中国人继续坚守“修齐治平”这个儒家伦理道德的理想。但在这个延续了两千年的“旧瓶”中，他是装了“新酒”的。
蔡元培在《中学修身教科书》第一册中，强调了修己的重要意义及要求。
他在《修己总论》中这样写道:“道德者。非可以猝然而袭取也。必也有理想、有方法。修身一科，即所以示其方法者也。夫事必有序。道德之条目。其为吾人所当为也同。而所以行之之方法。则不能无先后。其所谓先务者。修己之道是已。”
至于如何修己，他认为“凡道德以修己为本。而修己之道。又以体育为本。”这种“体育为本”的价值观念，在蔡元培1912年提出的“军国民教育、实利主义、公民道德、世界观、美育”等五种教育方针中也有所体现。
“军国民教育”与“体育为本”是一脉相承的，这一价值观念不仅在当时，即使在今天也有非常重要的实践意义。对于如何康强身体，蔡元培提出了许多务实的要求，与后来那些泛泛而谈的伦理思想有着天壤之别。
“孝行为本”的家族伦理。蔡元培认为“凡家族所由成立者。有三伦焉。一曰亲子。二曰夫妇。三曰兄弟姊妹。”“事父母之道。一言以蔽之，则曰孝。”他提倡“父慈子孝。兄友弟悌。夫义妇和。”提倡“孝者百行之本。”但对于“忠孝”这个极具中国特色的伦理道德观念，蔡元培在《中学修身教科书》中的态度是有所批判、有所辨别的。提倡“忠孝”的同时，他反对“愚孝”、反对“盲从”。乱命不可从，“今使亲有乱命。则人子不惟不当妄从。且当图所以谏阻之。”
蔡元培在《中学修身教科书》中，提倡“博爱为本”的社会伦理。主张“人之在社会也，其本务虽不一而足，而约之以二纲，曰公义，曰公德”，而公义公德都离不开博爱，所以“博爱”是社会伦理的核心。“图公益、开世务”，以美善社会，尽公义公德，这样才能建功立业，谋取社会幸福，推进社会进步。
在社会伦理中，他还提出了“取之有道”的生财之道和“用之有益”的通财之义等等。
对于“爱国为本”的国家伦理。蔡元培认为“爱国之心，实为一国之命脉”，“爱国心为国家之元气。”爱国关系到国家兴衰，是国民应尽的义务。之后，蔡元培又话锋一转，提出爱国不等于“爱君”，他指出国家是公权的国家，不是“全天之下，莫非王土”的国家。他在强调国民对国家尽义务的同时，也强调国家对国民尽义务，二者都是权利义务的统一体。此外，蔡元培还强调“依法治国”，他认为“吾人对于国家之本务。以遵守法律为第一义。”“法弊尚胜于无法”。他强调“执法必严”，认为“法律虽不允当仍须遵守。”这一“法治”的思想无疑是超前的，也是对“人治”的批判。
清末，自由、平等、博爱等西方民主思想传入中国，加上蔡元培留学西方的耳濡目染，使民主思想在《中学修身教科书》得到了很好体现：
提倡自存、自立、自决。蔡元培把自由思想融合到修己本务之中，他认为修己需要勤勉职分、节制情欲、保持勇敢，甚至可以为国家急难而牺牲自己的性命财产。同时他所描述的勇敢是具有独立之心的勇敢，他认为“勇敢之最著者为独立。”“独立之要有三。一曰自存。二曰自信。三曰自决。”他倡导思想自由、信仰自由，强调人要有独立之心，做到不依赖于人，以自己的思想、意志尽守职务，立足世界。
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