晚年的蔡元培仍勤学不辍。在香港读书的篇目有：王闿运《湘绮楼日记》、傅东华译《比较文学史》、郭沫若《石鼓文研究》、张元济《校史随笔》、李玄伯译《希腊罗马古代社会研究》《五十年来的德国学术》以及《王阳明全集》《陆放翁全集》《游志汇编》等。
徜徉在学海书林，在广袤无垠的思想境界中翱翔，对蔡元培这样的人来说，读书是一种特殊的享受。
然而，港岛毕竟局处一隅，弹丸之地，远远不能满足他那阔大的需求。蔡元培不禁发出了“耐劳嗜学尚依然”“岛居颇恨图书少”的感叹。
读书暇余，蔡元培要应约为一些书籍撰写序文。先后有《鲁迅全集》序、肖瑜《居友学说评论》序、李宗侗《中国古代社会新研究初稿》序、任鸿隽《古青诗存》跋等。作为蔡元培晚年所留不多的文字，这些序跋的价值也就远远不止于其本身了。
让蔡元培倍感欣慰的是，晚年的他与夫人周峻相濡以沫、相依为命，夫妻感情融洽、恩爱有加，还不时作诗唱和、作画题咏。这给平常的家庭生活增添了许多雅情逸趣。
1939年3月，是周峻的五十寿诞，蔡元培专门赋诗《为夫人周养浩寿》：
“儿女承欢凭意匠，亲朋话旧煦心田。一尊介寿山阴酒，万壑万岩在眼前。”
世人大多觉得蔡元培是个当官（教育总长）的，而当官的人大多都会让自己的儿子去学法律、学政治，以后也好当官。
但蔡元培却不是这样，他曾写了七个字给周峻：“且从诸兄学实科。”
意思是告诫三个年纪还小的儿女要学习两个兄长，攻读实在的、有用的科目。
蔡元培，三段婚姻、七个子女。
王昭与蔡元培第一个孩子蔡阿根。
因为是长子的缘故，蔡元培对他寄予厚望，将所有的宠爱都给了他。不幸的是，蔡阿根在6岁的时候因病去世，小小年纪便永远离开了这个世界。
1898年，王昭与蔡元培的第二个儿子蔡无忌出生。
1914年，蔡无忌进入法国翁特农业学校学习，三年之后，又以优异的成绩进入了法国国立格里农学院学习。
1925年，蔡无忌回国，彼时的他已经成为了一个兽医学家。
他建立了上海兽医学校、畜牧兽医学会、中央畜牧实验所等多个对中国意义重大的机构。在畜牧业等相关领域中，蔡无忌可谓是开山鼻祖，也是一代宗师。
蔡无忌一直注重中国的食品安全，在他的带动之下，有了新中国第一个商品监察条例，国人的食品安全有了重要保障。
1900年，王昭去世。1902年，蔡元培与黄仲玉成亲。
1904年，黄仲玉生下了女儿蔡威廉。在很小的时候，蔡威廉就展示出了极高的艺术天赋，她先后到过德国、法国、比利时等国家，感受那里浓厚的艺术氛围。成年之后，蔡威廉进入布鲁塞尔美术学院、里昂美术专科学校系统地学习绘画。
提及二十世纪中国著名的油画家，蔡威廉绝对是不可置疑的存在。
她的肖像画曾经被人们广泛称赞，一幅作品千金难求。她的画中渗透的不仅仅是一个画家的技巧，更隐藏着一个女子享受生活的乐趣。
1907年，蔡元培的第四个孩子蔡伯龄出生。
幼年的时候蔡元培带着他游离欧洲各国，因此蔡伯龄小时候就拥有异于常人的眼界。1928年从比利时学校机械系毕业，1929年从法国电工学院毕业，1930年成为巴黎理学院物理学学士学位的获得者。
此后的几年，蔡伯龄跟随众多外国著名的物理学家做研究，磁学研究与强电磁设计成为了他的整个世界。
1934年获得法国研究发明局银质奖章，1927年获得埃梅•贝尔泰奖，在世界精英遍布的物理学领域，蔡伯龄闯出了一片天地。
1921年，黄仲玉病逝，2年之后，蔡元培与周峻走进婚姻的殿堂。
周峻与蔡元培的大女儿蔡怀新，是物理领域的杰出人才，毕业于交大物理系，曾经在复旦大学担任物理学教授。蔡怀新出版的《基础物理学》受到国际社会的广泛认可，她在物理学领域赢得了许多赞许的目光。
周峻与蔡元培的儿子蔡英多是典型的实干派，他醉心于航空事业，将自己的半生都奉献给了沈阳航空发动机集团。
小女儿蔡睟盎同样对物理学研究充满热情，她曾经在中科院做相关研究，是中国物理界不可多得的人才。
每个父亲，都有最钟爱的儿女，蔡元培也不例外。在其儿女中，他最喜欢的当属大女儿蔡威廉。
其幼女蔡睟盎曾回忆道：“本来父亲是计划从香港出发，转道越南，从陆路去昆明，和大姐会合。”
然而，蔡威廉却在1939年因病于昆明英年早逝了。
蔡威廉病逝的消息，周峻根本就不敢告诉丈夫。她和女婿商量好，每次写家信仍落款
“威廉附笔请安”的字样。甚至于，周峻连子女们也没有告知，只是让蔡睟盎脱掉了红色的鞋。
可是蔡威廉已经是个名声在外的画家了，她去世的消息不可能只是一桩家事。果然，没过多久蔡元培就在一张昆明的报纸上读到了一则新闻，上面写着“女画家蔡威廉追悼会、遗作展”。
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